肛瘘手术的住院时间主要是跟肛瘘的严重程度以及术后的恢复情况有直接的关系。在临床上如果是低位单纯性肛瘘，一般住院时间在七天左右。

　　但是对于高位复杂性肛瘘，甚至采取了挂线疗法进行治疗，那么住院时间大概在半个月到一个月的时间。而且手术难度相对比较大，术后存在一定的复发概率，所以在术后换药是特别关键的。