肛瘘手术的住院时间跟肛瘘的严重程度、术后创面的大小以及术后患者的恢复情况有直接的关系。在临床上一般高位复杂性肛瘘多采取挂线疗法，甚至是二次手术治疗，所以其住院时间相对比较长，一般住院时间在半个月。

　　而对于低位单纯性肛瘘，其手术相对比较简单，创面相对比较小，其住院时间大概在7到10天。而且在肛瘘手术后一定要坚持换药，避免创面出现假性愈合。