手足口病是由肠道病毒引起的，症状主要是发烧、手足口出现皮疹。在临床上，要与相同临床表现的疾病相鉴别，最常见是病毒引起的出疹性疾病，比如麻疹、风疹、水痘、猩红热等。

　　除此以外，如果出现一些并发症，如神经系统并发症，也需要与其他的神经系统并发症进行鉴定，比如单纯疱疹脑炎、巨细胞病毒脑炎。

　　另外，如果并发下呼吸道感染，如肺炎，也与其它的病原引起的肺炎相鉴别。