首先两者均属于复杂性肛瘘，也就是表现为有多个外口和瘘管。两者最大的区别就在于：瘘管位置的高低不同。低位复杂性肛瘘的瘘管位于外括约肌深部以下，而高位瘘管位于外括约肌深部以上。两者治疗的方法也是有区别的：对于低位复杂性肛瘘可以直接采取肛瘘切除术，但是高位肛瘘是严禁采用此方法的，多采用切开挂线术。