甲状腺功能亢进性心肌病可与其他原因所致的心肌病、心肌炎相鉴别。其他原因所致的心肌病有感染性性疾病、代谢性心肌病、结缔组织性心肌病、缺血性心肌病等等类型。感染性心肌病主要见于严重的细菌或者病毒感染。代谢性心肌病最常见的就是糖尿病性心肌病。结缔组织性心疾病，主要是因为类风湿性关节炎或者系统性红斑狼疮引起。而心肌炎的诊断主要是依靠病理学活检来确定。