主要为病源治疗首选药物为甲氧苄氨嘧啶加磺胺甲基异噁唑，分2次服，连服2周，在应用免疫抑制剂的高危患儿中，可用此药进行化学预防，皆分2次口服和每周连服3天，停4天，连用6个月。

支持疗法包括应用丙种球蛋白，可以增强免疫力，必要时吸氧，如在应用肾上腺皮质激素过程中发生此病，则需减量或停药，为预防此病在高危患儿中交叉感染，最近主张进行呼吸道隔离，直至治疗结束。