咽结合膜热的主要鉴别疾病是急性结膜炎。通常讲的“红眼病”在医学上称为急性结膜炎，是由细菌引起的，表现为两只眼睛均充血发红，尤其是有较多分泌物，会封住眼睛使其睁不开，清晨醒来时更为明显。

另外，“红眼病”很少发高热，咽结合膜热与“红眼睛”的主要区别是有高热、单侧眼睛充血和无明显眼分泌物。