骨囊肿为良性的病变，目前病因尚未明了。

有的学者认为，骨囊肿是由于骨内血管末梢神经阻塞，导致血液的淤积；

也有的学者认为，本病是某种肿瘤，炎症组织的退行性改变，其生长受代谢阻碍的结果或者与骨的发育异常有关；

也有的学者认为，可能是外伤出血形成局限性的包囊，进而局部吸收，骨化而形成。