在病毒性的胃肠炎发病期间，是没有特效药物治疗的，只能是采取对症治疗的方式。

在发热期间可以采取物理降温，如果体温超过38.5度的时候，可以口服美林，或者是安瑞克进行退烧治疗。腹泻严重的时候，可以喝蒙脱石散治疗。这种药物主要是用于涩肠止泻的。在这期间，如果出现有消化不良的症状，可以口服益生菌一类的药物调理，可以吃双歧杆菌，或者培菲康。这种药物能够调节肠道的菌群，用于治疗消化不良的症状。如果腹泻比较严重的时候，会出现脱水、酸中毒的症状，会引起电解质紊乱。在这期间就需要静脉补充液体，缓解脱水的症状。