炎症性肠炎，目前病因未明，与环境遗传及肠道微生态等多因素相互作用，导致肠道异常免疫失衡有关。

一、环境因素，近几十年来，全球炎症性肠炎的发病率持续增高，这一现象首先出现在经济社会高度发达的北美及欧洲，以往该病在我国少见，近十多年明显增多，已成为消化系统常见病，这一疾病谱的变化提示环境因素发挥了重要作用。

二、遗传因素，炎症性肠炎发病具有遗传倾向，炎症性肠炎患者一级亲属发病率显著高于普通人群。克罗恩病发病率单卵双胞显著高于双卵双胞。

三、肠道微生态，炎症性肠炎病人的肠道微生态与正常人不同，用转基因或敲除基因方法造成免疫缺陷的炎症性肠炎动物模型，必须在肠道微生物存在的前提下，才发生炎症反应，抗生素治疗对某些炎症性肠炎病人有效，说明肠道微生物在炎症性肠炎的发生中起重要作用。另外免疫失衡，可导致肠道黏膜持续炎症，屏障功能损伤也是炎症性肠炎的病因。