目前尚无根除HPV的方法。治疗目的为去除肉眼可见的疣体，改善症状和体征避免复发。

1.药物治疗：适用于处理各种类型的泌尿生殖器疣，特别是冷冻治疗、激光治疗及手术治疗后复发者。常用药物有0.5%足叶草毒素酊、25 %足叶草酯酊、50%三氯醋酸溶液、5%咪喹莫特乳膏及5%氟尿嘧啶乳膏。

2.手术治疗：适用于广泛性疣，特别是对冷冻疗法无效的。

①冷冻治疗：外生殖器和会阴部疣首选液氮冷冻治疗。

②激光治疗：适用于广泛性疣，特别是对冷冻治疗无效者。