1.阿米巴病原体随大便排出后直接感染外阴或者阴道。阿米巴病原体直接侵犯阴道者甚少，但如果全身情况差或者阴道黏膜上皮细胞有损伤时阿米巴滋养体可侵入损伤部位而引起炎症。

2.原虫侵入阴道黏膜后依靠其伪足及其分泌的组织溶解酶造成黏膜破坏，形成溃疡。当机体抵抗力低的患者病变还可以侵犯至外阴、子宫颈以及子宫内膜而发生炎症。