先天性的肛门闭锁患儿在经过治疗后，并不一定会出现后遗症，患儿的预后和肛门周围肌肉、直肠的发育程度有关。

　　如果是低位的肛门闭锁，在经过手术治疗后做好护理，一般不会出现后遗症，且预后较好。

　　但有少部分患儿的病情较为复杂，或者肛周肌肉不发达、直肠发育不成熟，则可能会出现排便障碍、大便干结、便秘、排尿异常等后遗症，少部分患者长大后还可能会影响性功能。经过一段时间的肛门功能训练后，症状可能会有所改善。

　　如果出现了先天性的肛门闭锁，建议立即去医院就诊，多数未及时治疗的患者都可能存在生命危险。