如果胃底间质瘤发现较早，直径在2厘米以下，可以在内镜下完整切除，能够达到临床治愈的效果，对于低度危险的胃底间质瘤，在做完手术后定期复查即可。但是对于中度或高度危险的胃间质瘤，术后还应给予放化疗等其他方式治疗，以降低复发几率。

　　如果患者胃底间质瘤体积较大，在2厘米以上，应采取传统手术切除，在术后根据病理类型选择相应的治疗方式。如果是恶性间质瘤可给予靶向药物伊马替尼治疗，如果对伊马替尼产生耐药性，还可以使用二代靶向治疗药物治疗，效果也较为明显。