胃底间质瘤的症状通常并不是特别的典型，有一部分患者只是表现为上腹部的隐痛不适。一般来胃底间质瘤，如果是发生在贲门处，也就是胃的入口处，可能会阻挡食物进入到胃内，而患者会有哽咽感的表现。

　　如果胃间质瘤发生于幽门处，也就是胃的出口处，会阻碍胃的内容物进入到肠道，患者可能会有腹部胀气的情况，消化功能会减弱。