病毒性脑炎是单病程，经过治疗以后可以完全治愈，而自身免疫性脑炎会有复发机会，而且自身免疫性脑炎和病毒性脑炎两者有相关性的。

　　通常在病毒性脑炎的基础上可以再出现相应的抗体导致自身免疫性脑炎，两者的临床表现相近，有不同的预后，病毒性脑炎预后相对较好，治疗之后可以完全缓解，自身免疫性脑炎因为有一定的复发倾向，所以预后相对较差。