编码原癌基因受体酪氨酸激酶的c-kit和血小板源性生长因子受体阿法多肽的基因突变，被证实为胃肠间质瘤的主要发病机制，其中有80%-85%的胃肠道间质瘤为c-kit基因突变，还有5%-10%的胃肠道间质瘤为血小板源性生长因子受体阿法多肽基因突变。

　　还有一些没有检测到以上两种基因突变的胃肠道间质瘤，被定义为野生型胃肠道间质瘤，目前对于野生型的胃肠道间质瘤的发病机制尚没有完全明确。