目前认为，胃肠道间质瘤发病和获得性功能、基因突变有关，约80%-85%的胃肠道间质瘤是由原癌基因突变所引起，约5%-10%是由血小板衍生生长因子受体阿法基因突变引起，还有将近10%-15%的胃肠道间质瘤患者既没有基因突变，也没有血小板衍生生长因子受体阿法基因突变，这种类型的胃肠道间质瘤被称为野生型胃肠道间质瘤，具体发病机制还不是非常明确。