用同位素碳13标记的称作碳13尿素呼气试验，用同位素碳14标记的称为碳14尿素呼气试验。这两种试验方法作用雷同，只是碳13是稳定性同位素，需用质谱仪或光谱仪检测，成本较高。碳14是放射性同位素，可使用液体闪烁计数仪、HP检测仪，相对价格低廉。

　　碳13适用于各年龄段受试者，可以用于儿童。碳14具有放射性，且半衰期较长，尽管放射性较低，但做一次接受的放射剂量相当于做一次胸片的1/60，因此孕妇、儿童等需要慎用。碳14正常值是低于100D，碳13正常值是4。