月经干净第三天会怀孕，因为女性月经周期不完全一致，月经持续的时间也不完全一致，如果平时月经周期是25天，月经已经持续7天，月经过后第3天实际上是月经的第10天，按照排卵在月经前14天左右，前后一周的规律，这时正好是排卵期，所以能够怀孕。

　　而且此时怀孕几率比较高，如果不想要宝宝，不管月经干净几天都要全程用避孕套。