三个月的宝宝拉肚子，可以采取以下几种方法来进行治疗：

　　第一、如果只是腹部受凉或者吃了温度比较低的奶所引起，可以给孩子进行腹部热敷，也可以在医生的指导下给孩子及补铁进行治疗。

　　第二、如果是由于消化不良等因素所引起的拉肚子，可以通过药物进行调理，可以给孩子口服益生菌以及蒙脱石散进行治疗。

　　第三、如果是感染性因素所引起，需要在医生的指导下使用抗感染的药物进行治疗。