目前认为重症肌无力的病因与自身免疫有关，是获得性自身免疫疾病，主要是于自身抗体突触后膜乙酰胆碱受体损害有关，80%-90%重症肌无力患者血清中可以检测到乙酰胆碱受体抗体。

　　另外，80%的重症肌无力患者有胸腺肥大、淋巴滤泡增生，10%-20%重症肌无力患者有胸腺瘤，胸腺切除后70%的患者的临床症状可以得到改善或痊愈。

　　重症肌无力患者常合并甲状腺功能亢进、甲状腺炎、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎和天胞疮等其他自身免疫性疾病。