输卵管系膜囊肿有可能会影响怀孕，如果输卵管系膜囊肿距离输卵管管腔比较近，可以使输卵管的功能受到影响，使输卵管管腔狭窄或者不畅通，从而影响受孕，可以导致继发不孕或者异位妊娠的可能。

　　比较严重的是，如果输卵管系膜囊肿发生了蒂扭转，可以导致输卵管卵巢的坏死，对以后的怀孕肯定有比较大的影响。