巧克力囊肿最常见的是卵巢子宫内膜异位囊肿。子宫内膜异位到了卵巢，每次来月经，卵巢也会出现出血，积少成多就形成了卵巢巧克力囊肿。

　　除此之外，如果患者有卵巢的浆液性囊腺瘤、粘液性囊腺瘤或者单纯的囊肿，但是合并了囊内壁血管破裂出血，囊内液也被血液污染，从最初的鲜红，最后陈旧变成巧克力色，也叫巧克力囊肿。