五更泄泻主要原因是由于命门火衰、肾阳虚衰导致的，它的发病机制主要是由于年老体弱，肾气不足，或者是久病之后，导致肾阳受损，或者有些人房事无度，导致命门火衰，脾失于温煦，运化功能失调，导致食物无法运化，所以就出现了泄泻的症状。

由于一天当中阴寒最盛的时候就是子丑五更之时，所以肾虚，命门火衰的患者就会在这个时候出现腹泻症状。