对于矮小症通常是针对病因治疗，例如是慢性病造成的，比如心脏病、肾脏病等，就要积极治疗原发病，去除阻碍生长的因素。若是由于内分泌疾病导致的，生长激素的缺乏就需要应用生长激素进行替代治疗。

　　甲状腺功能低下者，也需要用药物治疗。治疗的过程中，每三个月要测量身高、体重，密切监测儿童身高增长的速度，还应该注意摄入充足的蛋白质、钙、微量元素等营养素，养成不挑食、不偏食的好习惯，也要注意体格锻炼、劳逸结合、心情愉快、保证睡眠充足等。

　　此外，对于是体质性的发育延迟造成的矮小症，此种情况是不需要进行特殊处理的。