扁平疣可以通过外用药物，口服药物和物理方法治疗。目前比较有效的治疗是光动力治疗，光动力治疗不光是可以去掉疣体，还可以去除潜在的病毒感染。

　　但是光动力治疗价格比较贵。其他外用药物包括维a酸乳膏，干扰素喷雾剂，咪喹莫特乳膏，物理方法包括液氮冷冻和二氧化碳激光，反复发作者可以选择免疫调节药物口服，如匹多莫德。