扁平疣的治疗方法很多，根据疣体的多少选择恰当的方法。通常情况下，一般可以外用药物和物理方法去掉疣体，外用药物有咪喹莫特乳膏，干扰素凝胶和五氟尿密啶乳膏等。

　　物理方法有液氮冷冻，二氧化碳激光和电灼等方法，还可以使用光动力治疗。如果反复发作，可以配合免疫调节药物口服，如匹多莫德或者是胸腺肽。