肛门疼痛会有很多疾病引起，如肛裂、血栓性外痔、肛周脓肿、肛窦炎、肛管直肠癌等。

　　肛裂引起的肛门疼痛多在肛管后正中位，排便时烧灼样疼痛，呈间歇性疼痛，持续数小时。血栓性外痔肛缘出现暗紫色肿块，疼痛呈持续性。肛周脓肿疼痛为持续性胀痛或跳痛。肛窦炎排便时感到肛门部针刺样疼痛，有肛门异物不适感。肛管直肠癌晚期疼痛位于肛门直肠、会阴和骶尾部，呈持续性痛。