甲巯咪唑的副作用，一般分为两种。

　　第一，是一般性副作用，发生率约为5%，包括荨麻疹及其他皮疹、皮肤瘙痒、关节痛，或者关节炎、发热、消化道不适、口腔异味等。

　　第二，是严重的副作用发生率约为0.3%，包括粒细胞缺乏症，中毒性肝病以及血管炎，可直接威胁患者的生命，一旦发生必须立刻停药。