南瓜籽仁在临床上应用非常广泛，其主要的功效有补中益气，消炎止痛，解毒杀虫的作用。可以用来治疗久病气虚而引起的体乏无力，活动后心慌气短，改善脾胃虚弱导致的便溏。

　　还具有杀虫的作用。用来治疗儿童的蛔虫病，效果非常好。现代医学研究南瓜子仁内的有效成分，能够起到调血脂，降血糖作用。还具有防止癌症的作用。