尿液中有黑色的小颗粒，可能是由膀胱结石、肾结石、急性出血性膀胱炎等因素引起的，具体如下:

1、膀胱结石：尿液在肾脏形成，在膀胱中暂时储存并经尿道排出体外，若尿液经常在膀胱中潴留无法排空，就很容易形成尿路梗阻。尿液中水分被逐渐吸收，尿液中某些成分（草酸、磷酸盐、钙等）浓度增加，可导致结石形成。常表现为排尿时疼痛、排尿困难、终末血尿等。在排尿时由于结石较小可以排出，就会出现尿液中有黑色小颗粒等。

2、肾结石：是由于代谢或者药物原因造成尿液中成石物质浓度升高或溶解度降低，呈过饱和状态，析出结晶并在局部生长、聚积，最终形成结石。症状表现为腰腹部疼痛，甚至表现为绞痛，血尿、恶心、呕吐等。若结石较小，可以则可以随尿液排出体外，出现尿液中有黑色的小颗粒。

3、急性出血性膀胱炎：由于外伤或者感染、应用抗肿瘤药物毒性造成的膀胱黏膜弥漫性、出血性的病变。患者症状表现为尿频、尿痛、尿血的表现，患者在应用了止血的药物后会在尿液里面出现黑色的血凝块，就会看到尿液中有黑色的小颗粒。