超声内镜包括超声胃镜，超声内镜是一个大概念，因此如果是检查胃部、食道的超声内镜则与超声胃镜是同一个检查，如果是检查其它部位的超声内镜则与超声胃镜不是同一个检查。

超声内镜是将微型高频超声探头安置在内镜顶端或通过内镜孔道插入微型探头，在内镜直接观察腔内变化的同时进行超声扫描。与普通的内镜相比，可以进一步了解病变来自管道壁的某个层次以及病变周围邻近脏器的情况。与体表的超声相比，缩短了超声源与成像器官之间的距离，缩短了声路，降低了声衰减，并排除了骨骼、脂肪、含气部位的妨碍，可以获得最清晰的成像。

而超声胃镜是在胃镜的基础上增加了一个超声探头，相当于是普通胃镜的升级版，同时结合了胃镜及超声的优点，可以在超声的引导下进行病灶穿刺活检、肿瘤介入治疗、囊肿引流等，定位更加精准。