自然流产后，来月经时肚子特别疼即出现明显腹痛，有可能是继发性痛经、宫腔残余、宫内感染等引起的，具体如下：

1、继发性痛经：有可能在自然流产的过程中，子宫内膜通过输卵管进入了腹腔，导致了子宫内膜异位症，于是引起继发性痛经。由于自然流产后子宫内膜受损，且女性身体较为虚弱，引起的继发性痛经可能是一过性的，待身体恢复后就会消失。

2、宫腔残余：自然流产后，宫腔内还残留有胚胎或胎盘等组织，加上经期前列腺素的刺激，就会产生明显的腹痛，同时还可能伴有发热、经血增多等的症状。

3、宫内感染：自然流产也会损伤子宫内膜，而且此时宫口还是开放状态，若是不注意卫生很容易就会引起宫内感染，在炎症的刺激下引发腹部剧烈疼痛，并且还会有疲乏、倦怠、发热等全身症状，同时还会让流出的经血有明显的异味。