半夜醒来头疼可能是植物神经功能紊乱、偏头痛、颈椎病等疾病引起，需要根据具体的病因进行对应处理。具体如下：

1、植物神经功能紊乱：植物神经主要由副交感神经和交感神经系统组成，可支配平滑肌、心肌、内脏活动和腺体分泌，由于植物神经功能紊乱，可能导致交感神经和副交感神经失衡，导致身体各系统异常，出现半夜醒来头疼的现象。可使用调节植物神经功能的药物，例如谷维素、维生素B1、维生素B12等来缓解症状，此外需要注意锻炼身体，参加室外活动，避免过度劳累，合理饮食，平衡膳食。

2、偏头痛：是一种常见的慢性神经血管疾病，病因与遗传因素、环境因素、内分泌因素、饮食因素等有关。夜间受内分泌水平或者环境因素影响，可能会导致偏头痛发作，会出现半夜醒来头疼的现象。治疗上可服用止痛药，如布洛芬、双氯芬酸钠、塞来昔布等，中重度偏头痛可使用麦角类制剂缓解头疼，例如尼麦角林片、麦角克碱等。

3、颈椎病：颈椎病是由颈椎间盘退行性变引起的疾病，颈椎软组织失衡，会刺激或压迫神经根和脊髓。其发生与遗传因素、环境因素等有关，由于夜间睡眠姿势不佳，可能会导致颈椎病压迫神经，因此会有半夜醒来头疼的现象。需要给予非甾体抗炎药镇痛，例如吲哚美辛、美洛昔康、阿司匹林等；还可以使用激素缓解炎症水肿，例如地塞米松、氢化可的松、泼尼松等，如果症状严重，需行髓核摘除术。