多数情况下鳃裂囊肿手术风险相对较小，少数可能会大的风险主要表现在麻醉的风险、术中或术后出血的风险以及囊肿术后复发的风险等方面，具体如下：

1、麻醉的风险：无论是全身麻醉还是局部麻醉都有一定风险，如果鳃裂囊肿患者身体情况不佳、合并基础疾病多、病情危重，那么麻醉的风险系数会相应提高，所以在进行麻醉前，医院会进行系统评估。

2、术中或术后出血的风险：部分鳃裂囊肿离锁骨较近，还有可能引起乳糜漏，而且临近颈鞘内动静脉血管和迷走神经，如果因手术过程中操作不当或囊肿切除面积过大，可能会损伤周围血管，从而增加出血的风险，故术后需要注意伤口护理，保持伤口清洁干燥，避免发生感染。

3、囊肿术后复发的风险：如果患者不接受正确的治疗或鳃裂囊肿反复发生感染以后，极易复发，一般采用扩大切除的方法治疗。如果反复感染复发，还有可能发展为鳃裂癌，所以术后要定期复查，并适当锻炼增强自身免疫力。