结肠炎的药物选择，要根据引起结肠炎的病因不同而进行不同的选择。

结肠炎常包括肠结核和溃疡性结肠炎、克罗恩病等。常用的抗结核药物有异烟肼、利福平、链霉素、吡嗪酰胺、乙胺丁醇、对氨基水杨酸钠、丙球异烟肼、卡那霉素、卷曲霉素等。炎症性肠病，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病，常用药物主要是水杨酸类药物，包括柳氮磺胺吡啶、艾迪莎等，糖皮质激素、免疫抑制剂等，疗程是两年，许多患者需要终身维持治疗。抗结核的疗程一般是九个月或者是半年。