结肠炎的主要症状是腹痛和腹泻，分为左半结肠炎和右半结肠炎。

右半结肠炎，腹痛多位于右下腹或脐周，呈间歇性发作，常为痉挛性阵痛伴肠鸣增加，腹痛的发生可能与进餐引起胃肠反射，或肠内容物通过炎症狭窄肠段引起局部肠痉挛有关，腹泻也可呈间歇发作或为持续性，多为糊状，一般无脓血和粘液；

左半结肠炎的腹痛则多位于左下腹或下腹，亦可累及全腹部，常有里急后重，症状轻者无压痛或仅有腹部不适，重症患者可有持续性剧烈腹痛，腹泻主要是与炎症导致大肠粘膜对水钠吸收障碍以及结肠运动功能失常有关，主要表现为粘液脓血便，症状轻的每天排便二到四次，伴或不伴便血，严重的排便每天大于十次，多数可以见到脓血，除了腹痛和腹泻的症状之外，还可以有腹胀、食欲不振、恶心、呕吐，严重患者可有发热和营养不良的症状。