喉咙里咳出小黄粒样的东西并且很臭，可能是由扁桃体结石、慢性扁桃体炎、慢性咽炎等因素引起的，具体原因和治疗如下：

1、扁桃体结石：一般是由食物残渣、细菌、死细胞、黏液等物质沉积在人体扁桃体隐窝等凹陷处，并逐渐钙化形成硬团导致的，长时间积聚在隐窝内的结石会发出很臭的气味。因此会出现喉咙里咳出小黄粒样的东西并且很臭的情况。对于无症状的患者，一般不需要特殊治疗，对于不适症状严重的患者，可以用钳子夹取、刮除，或者用口腔清洗器水流冲洗去除，上述治疗无效者可考虑进行扁桃体切除术。

2、慢性扁桃体炎：是由急性扁桃体炎反复发作而致，由于细菌等病原体在扁桃体定植、感染引起了腭扁桃体慢性炎症。炎症刺激腺体使分泌物增多，表现为在隐窝内存有干酪样或豆渣样腐败物，结合食物残渣后，伴厌氧菌感染，则可能出现口臭。同时这些物质混合一起可能出现黄色颗粒样的东西并且有很臭的气味。对于有急性炎症的患者，可以使用抗生素治疗，如青霉素V钾片、阿莫西林胶囊、氨苄西林片等，需遵医嘱使用。药物治疗无效的，可以行扁桃体切除术。

3、慢性咽炎：是咽部黏膜的慢性炎症，由于长期慢性炎症的刺激，咽部黏膜会出现反应性增生以及分泌物增多，其与食物残渣混合后在隐窝内长期积聚就会形成黄粒样的物质并且很臭。这时，可以多喝水，保持口腔的清洁。同时，可以在医生指导下含服含片治疗，如西地碘含片、西瓜霜润喉片、复方熊胆薄荷含片等，有抗炎利肿的作用。