直肠炎的治疗主要采用内科治疗，治疗的目的是要控制急性发作，维持缓解，减少复发，防治并发症。强调休息、饮食和营养。对活动期患者，应有充分的休息，以减少精神和体力负担。并给予流质饮食，待病情好转后，改为富营养少渣饮食。部分患者发病可能与牛乳过敏或不耐受有关，故应限制乳制品摄入。病情严重者应禁食，并给予完全胃肠外营养治疗。患者的情绪对病情会有影响，可给予心理治疗，药物选择氨基水杨酸制剂、糖皮质激素和免疫抑制剂治疗。

直肠炎常见于溃疡性结肠炎引起。溃疡性结肠炎又称非特异性溃疡性结肠炎，是一种病因不明的直肠和结肠炎性疾病。病变主要限于大肠粘膜与粘膜下层，临床表现为腹泻、粘液脓血便、腹痛，病情轻重不等，多呈反复发作，慢性病程。