一般来说，单纯的会厌囊肿并不会引起舌头疼痛。但是如果继发了细菌感染，那么由于炎症因子的刺激影响，就可能会出现舌头疼痛。

会厌囊肿是指会厌黏膜的黏液腺管受阻，使黏液潴留其中，从而形成的囊性肿物。其属于良性病变，一般来说也不会发生癌变。会厌囊肿多在进行喉部检查时发现，一般没有不适症状，症状重时患者喉部可有不适或异物感，当合并有感染时，就可出现舌头、咽喉部的疼痛。此外，囊肿体积较大时甚至可能堵塞气道导致出现呼吸困难。

对于会厌囊肿的治疗，如果伴有细菌感染，这时需要进行抗感染治疗，常见药物有青霉素V钾片、阿莫西林胶囊、氨苄西林片等，需遵医嘱用药。而对于单纯性的会厌囊肿，如果无症状，一般建议随访观察。如果症状较严重，就需要进行手术治疗，如支撑喉镜下会厌囊肿切除术。