剥脱祛斑的副作用主要在于会对皮肤组织造成一定的损伤。

进行剥脱祛斑的过程中表层皮肤会脱落，在面部留下开放性的伤口。因此在操作之后面部会呈现肿胀的状态，伤口如果没有做好消毒护理，可能发生感染；由于此时的皮肤更为敏感脆弱，当受到日光直晒时可能出现色素沉着。部分求美者做完剥脱祛斑操作之后皮肤屏障会受到损伤，后期出现红血丝难以好转的情况。如果操作中对皮肤带来的损伤过大，可能在局部留下难以愈合的疤痕，影响祛斑效果。