患者肛门手术两年了里面疤痕痛，主要见于局部切口感染、假性愈合、单纯疤痕痛等原因，需根据不同的病因采取不同的治疗方案，具体如下：

1、切口感染：因切口出现感染会引起炎症反应，进而刺激患者出现疤痕疼痛的症状。切口感染的患者表现为肛周的红肿，同时局部可能会出现窦道等；炎症反应重的患者还会出现全身反应如畏寒、发热等。针对切口感染的治疗可使用抗生素治疗或手术切开治疗。在感染尚未化脓时，可静脉使用抗生素全身治疗，如头孢唑林钠，头孢曲松钠、头孢他啶等；而已经形成脓肿或窦道的患者应及时行脓肿部位的切开引流术治疗，切开彻底引流脓液并留置纱布条或胶片等引流，同时定期清洁换药。

2、假性愈合：指在肛门术后伤口愈合的过程中，由于每天需要排便，会有粪便等排泄物污染伤口；如果没有保持肛周的清洁干燥，就容易在创面愈合的过程中形成空腔。所形成的空腔没有完全愈合，只是在伤口表面长出了新的肉芽组织，患者后期容易出现肛周肿痛以及感染破溃；病情严重的患者会导致肛瘘复发。建议积极抗炎治疗，必要时需要把闭合的皮肤重新切开的，彻底冲洗空腔的同时放置引流条，保证引流通畅，还可以使用红外线等物理治疗的方法来加速创口和组织愈合。

3、单纯疤痕痛：患者的疼痛可能是由于单纯疤痕痛引起，在临床上是很常见的，由于肛周的神经支配很丰富，在刀口愈合后疤痕会刺激神经就会出现疼痛的症状。此时患者需要对症止痛治疗，常用的药物有塞来昔布胶囊、双氯芬酸钠肠溶片等；还可以通过肛管直肠的电按摩、生物反馈治疗等来软化疤痕。