小孩感染EB病毒主要症状是发热、咽炎、淋巴结病和肝脾肿大，此外，可能有消化道的症状，如疲劳、恶心、腹痛、腹泻，有些甚至有神经症状。

其感染后具有潜伏期，一般感染后的前三周不会有特殊性的症状，如果序贯发生这上述三种情况，高度怀疑EB病毒感染。患者可能会发烧，体温介于38到40度之间。患者多食欲减退，病程比较长，患者可有肝脾肿大以及皮肤出现皮疹，以及荨麻疹等情况，极个别患者还可出现神经系统的症状，如谵妄、呓语等情况。