做肛门囊肿的手术费用从三五千不等，甚至是更高，因为其取决于患者的病情，身体的基本状况。如果囊肿比较小，同时没有基础疾病，一般需要在腰麻下行囊肿的切除，或者是切开引流，费用一般三五千即可。但是如果患者有严重的心肺功能疾患，那么术前需要做许多的检查，例如心脏彩超、HOTTER等，手术费和术后的费用就会相对的增加。如果患者有糖尿病，那么糖尿病患者的创面就相对难以愈合，所以换药的时间和次数也会增加，那么也会增加总体的费用。

所以具体的费用需要去医院，找主诊医师来进行咨询，在患有该疾病后，不建议饮用含有酒精的饮品，不吃辛辣的食物。