扁桃体有黑色的东西可能是食物残留的颜色、慢性扁桃体炎、扁桃体囊肿等因素引起的，应该根据不同的病因而采取不同的治疗措施；

1、食物残留的颜色：当部分人群有喜欢食用黑芝麻、黑豆、桑葚、血肠等食物的习惯时，其食物颜色本身偏黑色，可能会残留到扁桃体出现黑色的情况。这是一种正常的生理现象，不会伴随其他症状，在饮食后多喝水来其颜色就会缓解，通常不需要特殊的处理。

2、慢性扁桃体炎：当口腔受到长期辛辣食物刺激、熬夜、感冒时，很容易诱发扁桃体发生炎症，在炎症和细菌反复刺激后，导致扁桃体出现化脓，出现扁桃体局部细胞损伤，如果存在出血则可能出现扁桃体有黑色的东西的情况。同时还伴有咽喉不适、发干、口臭、瘙痒、刺激性咳嗽等症状。在治疗上常先使用温盐水漱口、清淡饮食、避免辛辣刺激食物、多喝水等，同时需要在医生指导下口服阿莫西林胶囊、阿莫西林克拉维酸钾片、头孢克肟颗粒等抗炎治疗，如果炎症症状反复发生则需要行扁桃体切除。

3、扁桃体囊肿：因为扁桃体表面有很多正常的隐窝，当出现扁桃体隐窝口分泌物潴留，造成了阻塞，就形成扁桃体囊肿。如果扁桃体囊肿发生液化或者囊肿内有局部出血淤积，就会出现扁桃体发黑的现象。如果囊肿比较小，没有引起任何的症状，可以暂时不处理，定期观察。如果扁桃体囊肿比较大，引起咽部的异物感的症状时，可以通过离子扁桃体切除术、扁桃体囊肿切除术、扁桃体囊肿切开引流术等。