胃肠道间质瘤不一定是恶性肿瘤，根据它的生物学行为可以分为良性间质瘤、恶性间质瘤，还有潜在的恶性间质瘤，它们具体的判断标准主要与胃肠道间质瘤的发生部位、是否有明确的转移征象以及细胞的核分裂数目等来决定。

当胃肠道间质瘤比较小的时候，通常没有症状，一般是在体检时做内镜检查或者CT检查时偶然发现；对于比较大的胃肠道间质瘤，可以出现与发生部位相关的临床症状，比如上腹部不适，有的患者可以诱发上消化道出血，也可以形成腹部的肿块，甚至有部分患者会造成胃的梗阻。胃肠道间质瘤的治疗主要是手术切除和靶向治疗。