第一，会出现严重的腹泻或者是慢性腹泻；第二，如果在使用抗生素过程中突然发生的腹泻，或者是原有腹泻的加重极有可能是发生了菌群失调，腹泻多为淡黄色或者是绿色的水样便，有时可以如蛋花汤样大便；第三，真菌感染时粪便可呈泡沫样稀便这时常有腥臭味，葡萄球菌感染时患者可以排除黄绿色的稀便；第四，如果患者伴有腹痛、腹胀、呕吐等也常考虑为菌群失调。

健康人的胃肠道积聚着许多的微生物，这些微生物称之为肠道菌群。人体内肠道菌群按一定比例组合，各菌之间互相制约、互相依赖，在质和量方面形成一种生态平衡，一旦机体的内外环境发生改变，特别是长期使用广谱抗生素导致敏感菌被抑制，未被抑制的细菌趁机繁殖从而会导致菌群失调，菌群失调时会出现相应的临床表现。