造成胚胎发生停育的原因有很多，首先可能与染色体异常有关，父母的基因问题导致胚胎染色体出现了异常，从而导致胚胎发生停育，其次，又可能与外界环境有关，例如孕妇接触到了化学药物或者是放射线等，可能会导致胚胎发生停育。

　　此外与孕妇本身的内分泌也可能有关，例如黄体功能不好，孕酮低等等都有可能会导致胚胎发生停育。

　　除此以外，孕妇本身的不良生活习惯，例如抽烟喝酒，或者孕妇怀孕期间摄入的营养不足，导致胚胎发育不良，也可能会导致胚胎停育。