一般情况下，同房后第三天肚子坠痛、腰痛一般不是怀孕的迹象，可能是肌肉疼痛、腰椎间盘突出症、膀胱感染等原因引起的。具体分析如下：

1、肌肉疼痛

过度用力或不正确的姿势，可能会导致局部的肌肉过度牵扯，进而产生无菌性炎症。可能会导致肌肉疼痛。休息，按摩和热敷可以缓解疼痛。

2、腰椎间盘突出症

腰椎间盘突出压迫到局部的神经，就会对局部造成一定的刺激，就可能导致腰痛和坠痛。经医生确诊后遵医嘱休息，物理治疗和按摩，严重情况下可能需要手术。

3、膀胱炎

若平时不注意卫生导致局部受到致病菌感染时，就容易导致膀胱炎，在炎症的刺激下引发该症状，甚至还会导致尿频、尿急的症状。经医生确诊后可使用阿司匹林肠溶片、阿奇霉素等抗生素治疗。

除上述外，肚子坠痛腰痛还有可能是盆腔炎引起的。出现肚子坠痛腰痛的症状建议及时就诊，进行相关检查以确定具体病因，并接受治疗。